En este trabajo se presenta el estudio de la respuesta de un Dispositivo de Carga Acoplada (CCD) de tipo Skipper ante el flujo de muones atmosféricos en las inmediaciones del Instituto de Ciencias Nucleares, UNAM. La investigación abarca tanto una caracterización experimental en el laboratorio como el desarrollo de dos simulaciones de Monte Carlo basadas en la parametrización de Smith-Duller: una implementada desde primeros principios y otra utilizando el conjunto de herramientas Geant4. Experimentalmente, se diseñó e implementó un algoritmo en Python y ROOT basado en criterios de morfología para la identificación y aislamiento de clusters, enfocándose en los generados por muones dentro del área activa del sensor. Adicionalmente, se calibró la respuesta a bajas energías empleando una fuente de $^{55}\text{Fe}$ y se modeló el proceso de difusión térmica de la carga a través del espesor del silicio mediante una distribución binomial-gaussiana. Con este trabajo se busca colaborar en la caracterización física y optimización operativa de estos sensores de última generación para sus futuras aplicaciones en física de bajas energías.