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La investigación en rayos cósmicos en México tiene una larga tradición, se inició en la década de 1930 con las expediciones organizadas por Arthur Compton y Manuel Sandoval Vallarta para estudiar la distribución geográfica de los rayos cósmicos y el descubrimiento del efecto este-oeste. En la década de los años 40 operó una estación semi-permanente en Teoloyucan, Edo de Mex. La investigación en los años subsecuentes fue intermitente, hasta el inicio de operaciones del monitor de neutrones en CU, DF, en la década de 1950 y la instalación del Super Monitor de Neutrones durante los años 70. El Super Monitor de Neutrones ha logrado funcionar de manera ininterrumpida desde el año 1989 hasta la fecha. En la década de 1990 empezó a crecer entre la comunidad científica mexicana el interés por los rayos cósmicos; así se constituyó el grupo mexicano de la Colaboración Auger, se consiguió la sede del observatorio HAWC y se participa en experimentos internacionales varios como el JEM-EUSO. Con ello las instituciones que cuentan con investigadores dedicados al tema ha crecido y se ha diversificado.